تاریخ واقعی بنای این شهر روشن نیست اما دلایل و شواهد موجود قدمت آن را به قبل از میلاد مسیح می رساند.به نوشته دیاکونف در سال 715 قبل از میلاد ناحیه کنونی مراغه جز سرزمین ماننا بوده و بنام ایالت اوئیشویش نامیده می شده است.بطلیموس در قبل از میلاد مسیح مراغه را جز اقلیم چهارم از اقالیم هفتگانه ریع مسکون شمرده و دریاچه ارومیه را به دلیل واقع شدن در کرانه غربی مراغه مارگیانه نام نهاده است. مارک آنتوان در سال 36 قبل از میلاد هنگام ذکر حوادث زمان پارت ها از این مکان بنام فرائه تا یاد می کند.  عده ای نیز معتقدند شهر تاریخی فراسپه که توسط آنتونیوس سردار رومی محاصره ولی به تصرف درنیامد همان مراغه است. به اعتقاد احمد کسروی نام مراغه بی گمان همان مارآوا یا مادآوا و به معنی جایگاه ماد می باشد.

علیرغم آنکه تاریخ مراغه در قبل از اسلام در هاله ای از ابهام قرار دارد تاریخ بعد از اسلام روشن تر و از حوادث آن دوران اطلاعات بیشتری در دسترس است. آنگونه که از تاریخ بر می آید مراغه در دوران ساجوقیان شهری مهم و آباد و از مراکز علمی بوده است. اوج شهرت آن در دوره ایلخانیان است که پس از انتخاب به عنوان پایتخت توسط هولاکوخان مراکز علمی رصدخانه و کتابخانه مشهور آن احداث گردید. در روزگاران بعد هر چند که این شهر از نظر وسعت و رونق رو به اضمحلال گذاشت ولی کماکان به عنوان یک شهر مهم در آذربایجان و نیز یکی از مراکز مهم نظامی تاعصر حاضر ایفای نقش نموده است. شهر مراغه عمدتا یک شهر کشاورزی است. رودخانه های متعددی که از سهند سر چشمه می گیرد باغات و مرازع آن را مشروب نموده و سرسبزی خاصی به آن بخشیده است .با دارا بودن مراتع سرسبز در دامنه های سهند از نظر دامداری نیز جز مناطق مهم ایران است. خوشبختانه از آلودگی صنعتی در آن اثری نیست.

تاریخ مراغه از نگاهی دیگر مراغه از شهرهای تاریخی و قدیمی آذربایجان و ایران است . در 280 هجری فرمانروایی مراغه به محمد بن افشین بن دیوداد رسید . بعد از وی برادرش یوسف به جای او نشست و در سال 296 هجری به نام خود در مراغه سکه زد . در سال 317 هجری ، مسافریان دیلمی به مراغه دست یافتند . در سال 420 هجری قشون غز وارد مراغه شد . در سال 566 هجری مراغه جزو قلمرو سلجوقیان در آمد . در سال 622 هجری جلال الدین خوارزمشاه بدون برخورد یا مقاومت مهمی به مراغه آمد . در سال 628 هجری این شهر به تصرف سپاهیان مغول درآمد . در سال 656 هجری مراغه مرکز فرمانروایی هلاکوخان مغول شد . خواجه نصیرالدین طوسی با همکاری چند ستاره شناس مأمور تاسیس رصدخانه معروف مراغه شد . در سال 759 هجری مراغه به دست تیموریان ویران شد . در سال   1142 هجری شهر مراغه و دهخوارقان به دست نادر شاه گشوده شد . گرچه شیخ عبیدالله کرد در سال 1297 هجری خود را به حوالی مراغه رسانید ولی هجوم وی و همراهانش دفع شد و سکون و آرامش به مراغه بازگشت .

به این صورت است که در حال حاصر 13 بنا  در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده است  و نزدیک به 100 بنا تاریخی دارد.

و بتازگی با تحقیق دیرین شناسان بقایای انسان یک میلیون ساله در مراغه کشف شده است.